Между тем, как пишет «Коммерсант», в это время уголовное дело уже вовсю расследовалось. Башлакову было инкриминировано получение взятки и злоупотребление должностными полномочиями. Таким образом, отставку можно расценить как возможность покинуть ряды Вооруженных сил по-хорошему.
Судебный процесс оказался еще более секретным, чем расследование: уголовное дело рассматривалось на «точке» — на территории военного городка РВСН Власиха. О его окончании сообщило Агентство военных новостей со ссылкой на источник в военной прокуратуре. По данным этого источника, суд признал Анатолия Башлакова виновным в получении взятки в размере 700 000 рублей и приговорил его к семи годам лишения свободы. Прямо в зале суда на отставного генерала надели наручники. Приговор не вступил в законную силу.


