На 2025 год эндемичными являются следующие муниципальные округа и районы: Вельский, Верхнетоемский, Вилегодский, Виноградовский, Каргопольский, Коношский, Котласский, Красноборский, Ленский, Няндомский, Онежский, Пинежский, Плесецкий, Приморский, Устьянский, Холмогорский, Шенкурский, а также города Архангельск, Коряжма, Котлас, Мирный.
С марта 2025 года введен еженедельный мониторинг за клещевым вирусным энцефалитом и другими инфекциями, передающимися клещами. На 19 марта медицинскими организациями привито против клещевого вирусного энцефалита 7695 человек, в том числе детей 2311.
Управление Роспотребнадзора по Архангельской области напоминает, что наиболее эффективным средством защиты от клещевого вирусного энцефалита является вакцинация.