Название музей получил по названию деревни Малые Карелы, с заменой буквы «а» в слове «Карелы» на «о». Это было сделано для исторического соответствия с поморскими говорами, сформировавшимися на основе древне-новгородского, для которых было характерно оканье, что отражено в новгородских летописях и берестяных грамотах, где названия с корнем «корел» писались через «о».
Основан в 1964 году по инициативе и при содействии секретаря Архангельского обкома КПСС Юрия Сапожникова, открыт для посетителей 1 июня 1973 года.
С 1983 года музей является членом Ассоциации европейских музеев под открытым небом.
С 1996 года музей «Малые Корелы» включён в государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.
В экспозиции музея находятся около 100 гражданских, общественных и церковных построек, самые ранние из которых датируются XVI веком (колокольня из села Кулига Дракованова) и XVII веком (Вознесенская церковь из села Кушерека и Георгиевская церковь из села Вершина). Среди экспонатов — крестьянские, купеческие избы, амбары, колодцы, изгороди, ветряные мельницы, баня и другие исторические здания. Постройки разбирались по брёвнам на месте их постоянного размещения и собирались обратно на территории Малых Корел.
Только в прошлом году основной фонд музея-заповедника пополнился 108 музейными предметами. Всего фонды музея насчитывали 27 454 предмета.
На самом деле, «Малые Корелы» — самое душевное и красивое место, в котором так и витает дух поморской старины. Как Анкор-ват, или Хампи, или Сигирия — место, где должен побывать каждый. Увидел «Малые Корелы» — значит жизнь прожита не зря!