Главой НКВД СССР стал генеральный комиссар государственной безопасности Лаврентий Берия.
В сфере ответственности НКВД находились коммунальное хозяйство и строительство, другие отрасли промышленности, а также политический сыск и право вынесения приговоров во внесудебном порядке, система исполнения наказаний, внешняя разведка, пограничные войска, контрразведка в армии.
В военные годы деятельность органов государственной безопасности была сосредоточена на борьбе с немецкой разведкой в прифронтовой полосе, выявлении и ликвидации агентов противника в тыловых районах, разведке и диверсиях в тылу противника.
В апреле 1943 года из НКВД вновь был выделен НКГБ СССР. Помимо этого, 19 апреля 1943 года из комиссариата внутренних дел было вышло главное управление контрразведки «СМЕРШ».
15 марта 1946 года НКГБ СССР был переименован в Министерство государственной безопасности (МГБ).
Затем разведку вновь вернули в систему органов госбезопасности: в январе 1952 года организовано Первое Главное управление МГБ СССР.
7 марта 1953 года было принято решение об объединении МВД и МГБ в единое министерство.
После смерти Сталина и внутренних чисток функции НКВД на себя взял Комитет государственной безопасности.