Согласно отчёту префектуры Нагасаки, «люди и животные погибли почти мгновенно» на расстоянии до 1 км от эпицентра. Почти все дома в радиусе двух километров были разрушены, а сухие, возгорающиеся материалы (такие как бумага) воспламенялись на расстоянии до трёх километров от эпицентра. Из 52 000 зданий в Нагасаки 14 000 были разрушены и ещё 5400 — серьёзно повреждены.
Только 12% зданий остались неповреждёнными. Хотя в городе не возникло огненного смерча, наблюдались многочисленные локальные пожары.
В целом, хотя мощность атомного взрыва в Нагасаки была больше, чем в Хиросиме, разрушительный эффект от взрыва оказался меньше. Этому способствовала комбинация факторов — наличие холмов в Нагасаки, а также то, что центр взрыва находился над промзоной — всё это помогло защитить некоторые районы города от последствий взрыва.
Из воспоминаний мальчика Сумитэру Танигути, которому в момент взрыва было 16 лет:
«Меня сбило на землю (с велосипеда), и какое-то время земля содрогалась. Я цеплялся за неё, чтобы не быть унесённым взрывной волной. Когда я взглянул вверх, дом, который я только что проехал, оказался разрушен… Я также видел, как ребёнка унесло взрывной волной. Большие камни летали в воздухе, один ударился об меня и затем снова улетел вверх в небо…
Когда, казалось, всё улеглось, я попытался подняться и обнаружил, что на моей левой руке кожа, от плеча и до кончиков пальцев, свисает, как изодранные лохмотья».