Сергей Котлов родился в Архангельской области в 1981 году. Имеет профильное педагогическое образование: окончил Поморский государственный университет им. М. В. Ломоносова.
Более трёх лет проработал директором Шенкурской коррекционной школы, затем возглавил администрацию города Шенкурска. С 2012 года Сергей Котлов являлся главой Шенкурского района.
Весной 2017 года Сергей Котлов перешёл работать в министерство образования и науки Поморья на должность заместителя руководителя ведомства.
— Что касается приоритетов в работе министерства, то, прежде всего, будут продолжены проекты по повышению качества образования и его независимой оценке. Ещё один важнейший аспект — развитие инфраструктуры. В частности, регион продолжит строить школы и детские сады, — отметил министр образования и науки Архангельской области Сергей Котлов.